Historique des versions de LASE

Cette page décrit sommairement les améliorations, nouvelles possibilités et corrections qu'apporte chaque version. Elles sont classées par ordre chronologique inverse.

Version du 29 décembre 2016

Malgré un long silence de ce site, le développement de LASE continue tranquillement. Principale nouveauté depuis la version précédente : un remaniement important de la structure du code source avec une meilleure séparation entre l'interface graphique et le cœur de LASE. Outre une plus grande lisibilité du code, cela devrait faciliter la migration vers d'autres types d'interface graphique (moins de fonctions à réécrire…) et la traduction (moins de textes à identifiers). Toujours en interne, LASE est maintenant par défaut en UTF-8, comme la majorité des distributions linux modernes.
Côté fonctions, le principal changement concerne la décomposition d'un graphe comme combinaison linéaire d'une famille de graphes. En effet, elle passe maintenant par les modèles génériques et permet, en particulier, d'avoir un nombre quelconque de graphes dans la famille permettant de construire la combinaison linéaire.

Version du 9 octobre 2003

La version X-Window est actuellement la seule concernée par cette mise à jour, car la bibliothèque d'interface a été beaucoup remaniée pour permettre un développement plus rapide de nouvelles options.

Outre des corrections d'erreurs diverses qui restaient après la réorganisation des graphes en série et de leur nature, plusieurs grandes nouveautés :

• les images ont aussi été réorganisées, pour avoir une gestion similaire à celle des graphes (organisation en série, plus grande souplesse sur la nature des données associées à chaque point). Au passage, la fenêtre des images a été revue pour présenter une échelle des couleurs utilisées.
• l'import ASCII a été réécrit, il est maintenant plus souple. Consulter la documentation pour plus de détails.
• les données expérimentales (ou semi-empiriques) nécessaires à LASE sont, pour la plupart, maintenant isolées de l'exécutable et placées dans des fichiers qui sont lus à la demande. L'utilisateur peut donc maintenant mettre à jour ou adapter ces fichiers sans avoir à plonger dans le code de LASE ; de plus, tant qu'ils ne sont pas utilisés, la mémoire n'est pas occupée inutilement. Ces données, regroupées dans le dossier share/Lase après l'installation, concernent actuellement :
  • les énergies de seuil
  • les énergies des raies de fluorescence
  • les rendements de fluorescence pour chaque raie
  • les largeurs naturelles des raies de fluorescence
  • les opérations de symétrie des groupes d'espace
• LASE inclue maintenant un modèle (encore expérimental) de simulation d'une expérience, incluant divers effets systématiques. Pour y accéder : Ctrl-X en mode théorie ; si vous êtes intéressés, écrivez-moi pour avoir une copie de la documentation correspondante (en anglais).

Version du 4 juillet 2003

Pas de mise à jour de cette page depuis un sacré moment, mais LASE n'en a pas moins beaucoup évolué &em; nous avons atteint la version 3.1. Difficile de résumer tous les changements en un peu plus d'un an... Voici donc les plus importantes :

• Nouvelle organisation des modèles d'ajustement. L'interface a été complètement revue, sont maintenant nettement séparées la partie indépendant du modèle et la partie spécifique d'un modèle d'ajustement par chemins de diffusion. Il est aussi possible de travailler avec plusieurs modèles en mémoire.
• Nouvelle interface pour le chargement des fichiers expérimentaux, plus souple pour décrire les fichiers des lignes expérimentales récentes avec de nombreux détecteurs.
  
• Nouvelle organisation interne des graphes. Pas de changement notable pour l'utilisateur, mais plus de souplesse et une meilleure gestion de la mémoire.
• Gestion des cartes par fluorescence X, y compris avec un spectre de fluorescence complet par point.
• La version anglaise compile de nouveau correctement ;
• les graduations en Y sont maintenant automatiquement optimisées en fonction de la taille de la fenêtre, du texte et de l'intervalle considéré (y compris pour l'export PostScript) ;
• on peut importer un fichier ASCII à plusieurs colonnes en créant, en une fois, un graphe par colonne (merci à Ioannis qui a programmé cela) ;
• on peut décomposer un graphe sur deux graphes de référence en imposant la contrainte d'une somme unitaire des coefficients (merci à Ioannis qui a programmé cela) ;
• chargement des fichiers EXAFS enregistrés sur la ligne SNBL de l'ESRF ;
• on peut automatiser la normalisation du seuil et la soustraction du fond continu pour l'appliquer en une fois à tous les graphes d'une série.

Version du 13 juin 2002

• On peut changer le nom d'une série de graphes : cliquer avec le bouton du milieu sur le nom de la série dans la liste des graphes ;
• le chargement des fichiers PDB est plus robuste : sont maintenant chargés correctement les fichiers qui ont des lignes trop courtes (fichiers écrits avec conquest, chem3d, gromacs) ou terminées par des espaces (fichiers écrits avec sybil), en plus des fichiers sans ligne HEADER (ou avec cette ligne ailleurs qu'en première position).
• maintenance interne : divers problèmes corrigés, réécriture de la génération de l'historique des opérations,...
• on peut afficher les matrices de covariance, après conversion en image : utiliser le bouton du milieu sur la fenêtre principale pour faire apparaître le menu correspondant et choisir l'option. La figure ci-dessous présente un exemple de matrice de corrélation ainsi obtenue (en rouge : fortes corrélations positives ; en noir : fortes corrélations négatives ; en bleu : faibles corrélations), pour un spectre EXAFS après filtrage par transformation de Fourier.

  

Version du 18 avril 2002

Traitement des cartographie de fluorescence X : chargement des fichiers spec et edf produits sur ID21 ou ID22 (ESRF), affichage de la carte (en plan et en 3D), créations de coupes en cliquant sur l'image. Rotations, miroirs. Interpolations. Découpe. Pour cela, passer en mode fluorescence.

Version Window : affichages Open-GL supportés. Quelques corrections dans l'interface. Cette version est, normalement, stable.

Version du 5 avril 2002

Les graphes sont maintenant agencés en séries : une série est un ensemble de graphes. Une nouvelle série est créée (sauf si l'on demande le contraire) à chaque fois que l'on charge de nouveaux spectres expérimentaux.

Concrètement, cela se traduit surtout par l'apparition d'un ascenseur horizontal dans la fenêtre principale, qui permet de passer d'une série à l'autre. De même, un bouton dans la boîte affichant la liste des graphes permet ce passage d'une série à l'autre.

Version du 24 janvier 2002

• Nouveau sélecteur de graphes, avec aperçu du graphe choisi.
• Nettoyage du programme et historique généré par le programme (HISTOIRE.TXT) à jour pour les options des menus EXAFS et Filtrer. La documentation correspondante est aussi à jour (suivez les liens...)
• Version X_Window. Les masques de fichiers D fonctionnent dans le sélecteur de fichiers.
• Version Window. Première version stable. Toujours pas de support Open-GL, mais le reste des options de LASE devrait fonctionner correctement.

Version du 19 décembre 2001

Les nouveautés portent principalement sur la documentation, qui est maintenant à jour pour toutes les options des menus « lase » à « absorption », en mode « extraction ». Parallèlement, le programme a été nettoyé et l'historique qu'il sauvegarde adapté pour ces diverses options.

Version du 5 septembre 2001

• Il est possible d'isoler une entité moléculaire (molécule au sens usuel du terme) d'une « molécule » LASE, en cliquant sur un atome : une nouvelle molécule est alors créée, contenant (en un seul fragment) l'atome cliqué et tous les atomes qui lui sont liés. Utiliser pour cela l'option « Isoler une molécule » dans le menu obtenu avec le bouton du milieu sur la vue en 3D.
• Amélioré l'export des vues 3D en tant que script POV : les liaisons sont représentées, les chemins de diffusion en « pointillés », seuls les atomes visibles sur la vue sont représentés. Voici ci-dessous un exemple d'image que l'on peut ainsi obtenir (avec POV 3.1) :
  . Pour plus d'informations, consultez le site sur Persistence of Vision Raytracer.
• Les liaisons sont maintenant toutes correctement sauvées, rechargées et effacées.
• L'ascenseur dans le sélecteur d'atomes (choix d'un absorbeur par exemple) fonctionne maintenant complètement.

Version du 13 juillet 2001

• LASE peut proposer automatiquement un schéma de liaison pour une molécule, à partir des valeurs des rayons covalents des atomes. Pour cela, appuyer sur la touche L (shit-l) sur la vue en 3D.
• Corrigé une erreur dans le regroupement des chemins, qui conduisait à une distance fausse si le premier chemin de la famille était dégénéré plus d'une fois.
• L'affichage du type de fenêtre, pour le calcul de la TF et de la TF inverse, est de nouveau correct.
• Le positionnement des légendes de l'axe vertical est maintenant correct dans les fichiers PostScript.
• Le sélecteur de graphes pour la superposition de graphes (bouton de droite, option Modifier le cadre) fonctionne maintenant entièrement.
• Nettoyé l'import des fichiers ID22 : ce fichier compile maintenant correctement sous Irix 6.

Version du 19 juin 2001

• Il est maintenant possible de définir un schéma de liaisons du modèle structural. Pour l'instant, dans un but d'affichage essentiellement (les complexes organiques sont nettement plus reconnaissables avec affichage des liaisons), mais il sera utilisé à d'autres fins dans les versions futures. Pour créer des liaisons : cliquer avec le bouton droit sur la vue 3D, choisir l'option Lier deux atomes puis cliquer sur les paires d'atomes à lier. Voyez ci-dessous un exemple de représentation 3D prenant en compte les liaisons :
  
• Version Unix uniquement : Sous X-Window, lase gère maintenant la molette de la souris (si elle est associée aux boutons 4 et 5 du serveur X &em; consultez cette page pour plus d'informations sur l'utilisation de la molette sous linux) : elle permet de faire défiler les graphes, molécules, images dans les fenêtres correspondantes ; les fichiers dans le sélecteur de fichier ; les différentes options dans un menu « contextuel » (liste des chemins de diffusion par exemple) ;
• La taille maximale des menus « contextuels » est maintenant adaptée à la taille de l'écran ;
• L'option « Quitter » fonctionne maintenant de nouveau correctement dans les menus (il était impossible de quitter autremant qu'en utilisant le raccourci clavier Control-Q auparavant) ;
• Version Windows uniquement : corrigé une erreur dans la bibliothèque d'interface qui rendait LASE assez instable (débordement des chaînes de caractères). La version Windows semble maintenant assez stable pour être utilisable, mais diverses options ne sont pas encore disponibles (vue en 3D, utilisation des menus contextuels).

Version du 25 mai 2001

• Corrigé une erreur lors de l'effacement d'une molécule en mémoire (double effacement des atomes absorbeurs dans certains cas) qui pouvait conduire à des plantages aléatoires sous certains systèmes (dont linux) ;
• Nouvelle option dans l'analyse des modèles FEFF : il est possible de regrouper automatiquement les chemins qui ne diffèrent que par une légère différence de position des atomes impliqués (le seuil de différence étant paramétrable) : option Combiner les chemins du menu Couches en mode ajustements. L'opération est faite pour les chemins de l'atome absorbeur actif (en orange sur la vue 3D). Attention !, cette opération modifie de façon irrémédiable les paramètres des chemins conservés et ne peut donc être appliquée qu'une fois par absorbeur ;
• LASE permet de calculer un certain nombre de densités de probabilités classiques (gaussienne, Cauchy, khi-deux, Fisher-Snedecor,...) : option Distrib. continue du menu Stats en mode théorique ;
• Il est maintenant possible de générer les symétriques lors du chargement d'un fichier ASCII dans lequel sont lus les paramètres de maille (avant, il fallait les entrer manuellement pour pouvoir les générer à partir d'un fichier).

Version du 27 avril 2001

• Il est possible de calculer une estimation de la matrice de covariance des paramètres d'un ajustement à partir de l'inverse de la hessienne (Attention !, le résultat n'a de sens qu'avec un ajustement pondéré par les barres d'erreur et si l'approximation linéaire est valide) ;
• Nouveaux groupes d'espace disponibles. Les groupes connus sont maintenant : P1, P-1 (tricliniques), P2, P21, Pm, Pc, P2m, P21/m, P2c, P21/c, P21/n, C2/m, Cc, C2/c, Cm, C2 (monocliniques), Pnma (orthorhombique), R3m (en convention rhomboédrique ou hexagonale), P63/m (hexagonal) ;
• Modifié l'organisation des fichiers composant le programme pour avoir des lignes de commande moins longues ;
• Les modèles FEFF comportant des problèmes de définition des potentiels (potentiels manquants par exemple) sont détectés et corrigés quand on demande la vérification du modèle ;
• Plus de plantage quand on demande l'annulation d'un ajustement après l'avertissement « plus de paramètres ajustés que ne l'autorise le théorème de Shannon » ;
• Amélioré l'interface pour la sélection des graphes à afficher dans la superposition ;
• La mise à jour automatique des bornes de tracé fonctionne de nouveau ;
• L'affichage de la vue 3D peut être fait de façon indirecte, permettant des redessins plus rapides dans certaines conditions ;
• On peut choisir d'activer ou non l'affichage des axes, de la maille ainsi que la qualité des sphères (nombre de facettes) dans la vue 3D ;
• En cours de développement : chargement des fichiers expérimentaux de la ligne ID22 de l'ESRF et traitement des images ainsi obtenues.

Version du 26 février 2001

Principalement des corrections au niveau de la gestion de l'interface, dont en particulier :

• le sélecteur de graphes pour les opérations diverses (combinaisons linéaires en particulier) fonctionne entièrement ;
• corrigé une erreur potentielle dans le calcul des combinaisons linéaires en réalisant simultanément de nombreuses créations de graphes ;
• les combinaisons linéaires sont maintenant faisables avec des spectres à valeurs complexes (donc sur les transformées de Fourier) ;
• l'affichage et la gestion des absorbeurs dans la liste des molécules ont été améliorés ;
• il est possible d'effacer un absorbeur dans une molécule.

Version du 22 janvier 2001

• la sélection automatique du potentiel de l'atome absorbeur, dans le paramétrage de FEFF (bouton choisir) est plus intelligente : elle choisit d'abord parmi les atomes marqués comme absorbeurs de la molécule courante ; s'il n'y en a pas, parmi les absorbeurs potentiels de la molécule courante ; en dernier recours, parmi tous les atomes en mémoire.
• la sauvegarde des fichiers feff.inp ne plante plus quand un potentiel 0 est défini sans atome associé, mais avec des atomes pour les autres potentiels (je ne pense pas qu'un tel fichier soit accepté par FEFF, ceci dit).
• Version X-Window : il est possible, dans les champs éditables (textes), de passer en mode « remplacement » (curseur carré, ancien mode) ou « insertion » (curseur linéaire), en utilisant la touche Inser
• Version Windows : recompilée avec la nouvelle cygwin, ce qui permet le chargement correct des fichiers expérimentaux du poste expérimental exafs-2. Une série de redimensionnements des fenêtres ne conduit plus à un écran blanc. Cette version reste expérimentale ! Si vous le pouvez, utilisez la version unix.

Version du 12 janvier 2001

• possibilité de calculer l'angle entre trois atomes du modèle structural, en cliquant sur ces trois atomes sur la vue 3D
• calcul des distances entre atomes en cliquant sur les divers atomes sur la vue en 3D, selon plusieurs modes (en particulier, en choisissant un atome de référence et en calculant toutes les distances par rapport à cet atome)
• possibilité de créer et sélectionner les atomes absorbeurs directement sur la vue tridimensionnelle (Ctrl-clic sur l'atome choisi)
• possibilité de scinder en plusieurs zones la fenêtre d'affichage des spectres superposés, les spectres et grossissements affichés dans chaque zone étant indépendants et librement définissables (on peut ainsi avoir à gauche la comparaison des spectres exafs, à droite celle des transformées de Fourier dans la même fenêtre)
• possibilité d'adapter le grossissement en Y pour un intervalle en X défini par l'utilisateur
• possibilité d'afficher, dans la fenêtre de normalisation d'un seuil, un seuil de référence pour faciliter la normalisation relative de deux seuils (appuyer sur r dans la fenêtre)

Version d'août 2000

• corrigé une erreur dans la génération des spectres à ajuster par la méthode de Monte-Carlo, pouvant conduire à sous-estimer les incertitudes sur les paramètres ajustés dans certains cas.

Version du 14 juillet 2000

• compile proprement sur Irix 5 et Irix 6.2 ;
• plus de « BadMatch » en ouvrant la fenêtre d'affichage 3D sous Irix avec un écran en 256 couleurs ;
• plus d'erreur en corrigeant les énergies avec une énergie nulle.
• possibilité de ne sélectionner que certains spectres d'un fichier même quand on ne regroupe pas ces spectres en un seul spectre moyen.

Version du 24 mai 2000

• possibilité de sauvegarder et charger les paramètres d'extraction des oscillations EXAFS (fichier ASCII qui peut être lu par n'importe quelle version de LASE, sur toute machine) ;
• possibilité de déplacer un atome en modifiant uniquement sa distance à l'absorbeur, en le déplaçant le long de la droite (absorbeur, atome) ;
• génération des fichiers POV, pour réaliser des illustrations à partir de la vue tridimensionnelle, améliorée : elle tient compte des paramètres d'affichage (taille des sphères, sélection d'atomes visibles) et inclus le chemin de réflexion sélectionné, s'il existe ;
• corrigé la génération des fichiers FEFF (type de potentiel à utiliser, auparavant incorrectement indiqué) ;
• paramètres statistiques d'un graphe : estime maintenant la médiane et le moment centré absolu d'ordre 1 ;
• possibilité de calculer la contribution individuelle de chaque couche utilisée dans un ajustement. Cette contribution apparaît sur la vue 3D quand le chemin correspondant est sélectionné, pour une comparaison rapide au signal expérimental ;
• les paramètres d'extraction de µ_0, I quand on tronque la fin du spectre (utilisation d'un 2^e point de contrôle marquant la fin) sont adaptés dans la boîte de dialogue de reproduction de l'extraction ;
• groupes d'espace reconnus : P1, P-1, P2, P2/c, C2/c, Pnma.